Si leur relation a eu des hauts et des bas sur la durée de la série, elle n’était globalement pas au beau fixe. C’est même pour cette raison que Mulder aurait quitté la série. Faut dire que les rapports de force entre les personnages ont pas mal évolué au fil des saisons. Alors que Scully avait un statut légèrement secondaire par rapport à Mulder comme un Robin de Batman, l’actrice devenant de plus en plus populaire prenait alors plus d’importance dans la série. Il lui aura d’ailleurs fallu batailler trois années pour avoir le même salaire que son homologue masculin.
Ils ont beau appartenir au même camp, les deux acteurs n’apparaissent jamais sur aucun plan ensemble. Et pour cause, ça sent le roussi entre les deux acteurs qui sont sortis ensemble en 2002. Pour le tournage de la série ça a posé quelques problèmes parce qu’il a fallu composer en prenant en compte ce paramètre : ne pas jamais avoir Lena Headey et Jerome Flynn dans la même pièce.
